SV EN

Mikrobiota, mikrobiom och metagenom – centrala begrepp i vår forskning

Ordet mikrobiota används för att beskriva alla mikroorganismer i en viss miljö. Deras samlade sammansättning av gener kallas för mikrobiom. Mikroorganismer finns överallt, till exempel i och på människokroppen, på växter, i marken och i haven. En vuxen människas tarm består av biljontals mikroorganismer och dess mikrobiom kan innehålla 1000 gånger fler gener än människans. Metagenom betyder allt genetiskt material som finns i ett prov, till exempel ett tarmprov. Människokroppens största population av mikroorganismer finns i just tarmarna och kallas tarmmikrobiotan.

Vi har tagit fram en bioreaktor-modell som återspeglar den syrefattiga miljön i tarmarna, för att kunna testa olika bakteriestammars kvalitet och funktion i nedbrytningsprocesser och näringsupptag.

Hur fastställer vi metagenomet?

Med hjälp av modern teknik och bioinformatik är det möjligt att fastställa bakteriernas DNA från avföringsprover. Inom fältet används flera olika avancerade tekniker för att identifiera och kartlägga bakterierna. Hittills har det varit svårt att titta på enskilda bakterier, eller bakteriestammar, eftersom de är beroende av den mikrobiella miljön de lever i och som upp till nu varit svår att återskapa. Vissa bakterier är dessutom extremt känsliga för syre och tål inte ens sekunder i den omgivande luften. Vi har därför under flera år varit med och arbetat fram en bioreaktor-modell, som återspeglar den syrefattiga miljön i tarmarna, för att kunna testa olika bakteriestammars kvalitet och funktion i nedbrytningsprocesser och näringsupptag.

Artrikedom - Diversitet

Diversitet, eller artrikdom, är ett mått på komplexiteten av den mikrobiella sammansättningen i tarmen. Det vanligaste sättet att beskriva diversiteten i mikrobiotan är att den är det totala antalet bakteriearter eller gener i tarmen. Hög diversitet är förknippat med en stabil tarmmikrobiota, vilket betyder att den är mer motståndskraftig för förändrade miljöfaktorer och därmed mindre förändringsbenägen.

Alfa och Beta diversitet, illustration Anna Hallén

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Eftersom den mikrobiella sammansättningen i tarmarna är komplext och ständigt skiftande, räcker det inte att bara identifiera vilka bakterier som är representerade för att bedöma om tarmens ekosystem är i balans. Vi behöver också undersöka hur bakterierna interagerar med andra mikroorganismer och organen i kroppen samt vilka processer de är med och påverkar.

Läs om processerna och metaboliterna

Denna sidan använder cookies, genom att fortsätta godkänner du användandet av cookies.