SV EN

Mikrobiota, mikrobiom och metagenom – centrala begrepp i vår forskning

Ordet mikrobiota används för att beskriva alla mikroorganismer i en viss miljö. Deras samlade sammansättning av gener kallas för mikrobiom. Mikroorganismer finns överallt, till exempel i och på människokroppen, på växter, i marken och i haven. En vuxen människas tarm består av biljontals mikroorganismer och dess mikrobiom kan innehålla 1000 gånger fler gener än människans. Metagenom betyder allt genetiskt material som finns i ett prov, till exempel ett tarmprov. Människokroppens största population av mikroorganismer finns i just tarmarna och kallas tarmmikrobiotan.

Vi har tagit fram en bioreaktor-modell som återspeglar den syrefattiga miljön i tarmarna, för att kunna testa olika bakteriestammars kvalitet och funktion i nedbrytningsprocesser och näringsupptag.

Hur fastställer vi metagenomet?

Med hjälp av modern teknik och bioinformatik är det möjligt att fastställa bakteriernas DNA från avföringsprover. Inom fältet används flera olika avancerade tekniker för att identifiera och kartlägga bakterierna. Hittills har det varit svårt att titta på enskilda bakterier, eller bakteriestammar, eftersom de är beroende av den mikrobiella miljön de lever i och som upp till nu varit svår att återskapa. Vissa bakterier är dessutom extremt känsliga för syre och tål inte ens sekunder i den omgivande luften. Vi har därför under flera år varit med och arbetat fram en bioreaktor-modell, som återspeglar den syrefattiga miljön i tarmarna, för att kunna testa olika bakteriestammars kvalitet och funktion i nedbrytningsprocesser och näringsupptag.

Vad är metagenomik?

När man gör en metagenomisk studie så kartläggs och analyseras alla individers arvsmassa som ryms i ett prov. Till exempel arvsmassan hos alla olika bakterier som ryms i ett avföringsprov. 

Artrikedom - Diversitet

Diversitet, eller artrikdom, är ett mått på komplexiteten av den mikrobiella sammansättningen i tarmen. Det vanligaste sättet att beskriva diversiteten i mikrobiotan är att den är det totala antalet bakteriearter eller gener i tarmen. Hög diversitet är förknippat med en stabil tarmmikrobiota, vilket betyder att den är mer motståndskraftig för förändrade miljöfaktorer och därmed mindre förändringsbenägen.

Alfa och Beta diversitet, illustration Anna Hallén

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Eftersom den mikrobiella sammansättningen i tarmarna är komplext och ständigt skiftande, räcker det inte att bara identifiera vilka bakterier som är representerade för att bedöma om tarmens ekosystem är i balans. Vi behöver också undersöka hur bakterierna interagerar med andra mikroorganismer och organen i kroppen samt vilka processer de är med och påverkar.

Läs om processerna och metaboliterna

Inställningar för cookies
Vår webbsida använder cookies för att hemsidan och våra tjänster ska fungera som de ska. Cookies hjälper oss att förbättra användarvänligheten för dig som besökare, och därför är vissa cookies nödvändiga för att webbsidan ska vara fullt fungerande. Nedan kan du läsa mer om våra cookies och vilka som är valbara.
Inställningar för samtycke
Inställningar för samtycke
Nödvändiga cookies
Dessa cookies används då våra besökare använder en funktion på vår webbplats och är nödvändiga för att webbplatsen ska fungera fullt ut. Dessa cookies kan därför inte stängas av. Cookies används exempelvis då du fyller i ett formulär eller skapar ett konto och lagrar ingen personlig identifierbar information.
Prestanda cookies
Denna typ av cookie hjälper oss att följa antal besök på vår webbsida och hur våra användare hittade till oss. Vi använder cookies till att mäta och analysera för att exempelvis kunna förbättra användarvänligheten på vår webbplats. Vi kan med hjälp av våra insamlade cookies analysera hur användaren navigerar på webbplatsen, och ta bort irrelevanta sidor och information för att skapa ett så användbart material för våra kunder som möjligt. Den information som vi sparar är exempelvis vilka produktsidor som du besöker.
Marknadsföring
Dessa cookies används för att kunna analysera hur vi kan marknadsföra våra produkter och tjänster. Insamlingen av cookies kan exempelvis hjälpa oss att anpassa annonser till våra besökare baserat på dess tidigare användning av våra tjänster.